Biliary tract infections and their Microbiological Spectrum- A study from coastal region of Southern India / Infecciones de vías biliares y su espectro microbiologico- Un estudio en región de la costa del sur de la India

Objective: Biliary tract infections include cholangitis and cholecystitis. They are associated with high morbidity and mortality in elderly patients with co-morbid disease. The present study was undertaken to determine the microbial aetiology causing biliary tract infections and also to study their antimicrobial resistance profile. Materials & methods: A retrospective study was conducted from January 2011 to December 2016 at the Enteric Diseases Division, Kasturba Medical College Hospital, Manipal. Patients with biliary tract infections admitted in tertiary referral health care hospital, Manipal were included for the study. Aerobic and anaerobic bacteriological and fungal aetiology of biliary tract infections were recorded along with their antimicrobial resistance profile. Results: Out of 307 bile samples sent for aerobic culture and susceptibly testing 187 (60.91%) were positive for culture, of which Escherichia coli (44.4%) was the predominant aetiology followed by Klebsiella pneumoniae (27.3%). Among the 14 samples sent for anaerobic culture, 5 (35.75%) specimens showed growth, of which Bacteroides fragilis group was found to be the predominant anaerobe. Among the 201 bacterial pathogens tested for their antimicrobial susceptibility, 108 (53.73%) isolates were resistant, out of which 9 were PDR Enterobacteriaceae with 12 ESBL strains. All the Candida species were susceptible to fluconazole with the exception of C. glabrata and C. krusei. All the anaerobic isolates were found to be susceptible to Metronidazole. Conclusions: The high rate of bacterial infection particularly gram-negative bacteria was recorded. It is necessary that antimicrobial therapy be initiated when culture or the clinical conditions reports caution. Routine aerobic and anaerobic culturing of bile samples with biliary tract infections are imperatively necessary. With the emergence of multidrug resistant pathogens and change in the microbiological spectrum of biliary tract infections, there is a need for the empirical antimicrobial therapy in every clinical setting.

Objectivo: Las infecciones del tracto biliar incluyen colangitis y colecistitis. Se asocian a gran mortalidad y morbildiad en pacientes ancianos y con comorbilidad. El presente studio se hizo para detemrianr la etiologia microbiana que produce infecciones biliares y para estudiar su perfil de resistencia antimicrobiana. Materiales & metodos: Se hizo un studio retrospectivo entre los meses de Enero 2011 a Diciembre de 2016 en la "Enteric Diseases Division, Kasturba Medical College Hospital, Manipal" en India. Los pacientes con infección de vías biliares admitidos al centro de atención de tercer nivel se incluyeron en el estudio. Se buscaron bacterias aerobicas y anaerobicas y etiologia fungica y se analizó su perfil de resistencia antibiotica. Resultados: De 307 muestras de bilis enviadas para cultivo aerobico y antibiograma, 187 (60.91%) crecieron en el medio de cultivo, predominando Escherichia coli (44.4%) seguida por Klebsiella pneumoniae (27.3%). Entre las 14 muestras analizadas en medio anaerobio, 5 (35.75%) mostraron crecimiento de Bacteroides fragilis. Entre 201 bacterias probadas por antibiograma, 108 (53.73%) tuvieron perfil de resistencia, de los cuales 9 fueron PDR Enterobacteriaceae con 12 cepas ESBL. Todas las especies de Candida fueron susceptibles al fluconazol con la excepción de C. glabrata y C. krusei. Todos los aislados anaerobios fueron susceptibles al Metronidazol. Conclusiones: Se encontró una alta tasa de infección bacteriana con predominio de gram-negativos. Se hace necesario iniciar terapia antimicrobiana cuando lo sugieren las condiciones clínicas o el resultado del cultivo. El cultivo rutinario de bilis es imperioso. Dado el aumento de patógenos multirresistentes se requiere inicio empírico inmediato

Detección de Betalactamasas de espectro extendido en Enterobacteriaceae en un Centro de Salud de Maracaibo, Venezuela / Detection of Extended-Spectrum ß-lactamase-producing Enterobacteriaceae in a Healthcare Center from Maracaibo city, Venezuela

La alta incidencia de las enfermedades infecciosas y el aumento de la resistencia a los antibióticos se han convertido en la actualidad en un problema de salud pública, siendo las enterobacterias productoras de Betalactamasas de Espectro Extendido (BLEE) un ejemplo de este fenómeno. En el presente estudio se determinó la producción de BLEE en aislados clínicos de la familia Enterobacteriaceae procedentes de una institución de salud de la ciudad de Maracaibo, durante el periodo septiembre de 2014 a febrero de 2015. Para la detección de BLEE se utilizó como método preliminar el de Kirby-Baüer, siguiendo los lineamientos del CLSI; adicionalmente se utilizó como prueba confirmatoria fenotípica el método de sinergia del doble disco y como prueba confirmatoria genotípica la detección de los genes blaCTX-M, blaTEM y blaSHV mediante PCR. Se analizaron 55 enterobacterias productoras de BLEE, distribuidas de la siguiente manera: Escherichia coli 56,36%, Klebsiella pneumoniae 21,82%, Enterobacter cloacae 7,27%, Proteus mirabilis y Serratia marcescens 5,45% para cada especie, por último, Salmonella spp. y Morganella morganii 1,82% respectivamente. En cuanto al tipo de BLEE detectado mediante PCR, se observó que el 83,63% de los aislados presentó el tipo TEM, seguido de CTX-M (23,63%) y SHV (21,81%), mientras que el 27,27% de los aislados produjo dos o tres BLEE de manera simultánea. Los resultados de este estudio confirman la alta diseminación de este mecanismo de resistencia entre las enterobacterias productoras de infecciones en nuestras instituciones públicas de salud, por lo que deben aplicarse medidas de control que permitan controlar y disminuir su incidencia.

The high incidence of the infectious diseases and the antimicrobial resistance arise represent a public health threat today. The extended-spectrum ß-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae are an example of this phenomenon. We determined the ESBL-production in Enterobacteriaceae isolates from a Healthcare Center in Maracaibo, during September 2014 to February 2015. The Kirby-Baüer method was perform to preliminary phenotypic detection of ESBL, according to CLSI guidelines. ESBL-production was confirmed by a double-disk synergy test according to the CLSI standards. To genotypic confirmation, the genes blaCTX-M, blaTEM and blaSHV were amplified by PCR. Fifty-five (n=55) strains were analyzed distributed in Escherichia coli (56.36 %), Klebsiella pneumoniae (21.82 %), Enterobacter cloacae (7.27 %), Proteus mirabilis and Serratia marcescens (5.45 % each one), Salmonella spp. and Morganella morganii (1.82 % each one). The major encoded ESBL was the blaTEM gene (83.63 %); followed by 23.63% of the blaCTX-M gene, and 21.81 % encoded the blaSHV gene. 27.27 % of the isolates produced two or three ESBL simultaneously. These results confirmed the high spread of this resistant mechanism among Enterobacteriaceae-producing infections in our public health institutions, therefore control measures should applied to control and reduce its incidence.

Colonización rectal por bacilos gram negativos multirresistentes: importancia de la detección precoz durante la hospitalización / Rectal colonisation by multiresistant gram-negative bacilli: relevance of early detection in the course of hospitalization / Colonização retal por bacilos gram negativos multirresistentes: importância da identificação precoce durante a hospitalização

Las infecciones asociadas con el cuidado de la salud son consideradas un problema epidémico, controlable pero difícilmente erradicable. La detección precoz de pacientes colonizados por microorganismos multirresistentes, a través de cultivos de vigilancia epidemiológica y la implementación de medidas preventivas pueden reducir su incidencia. El objetivo del trabajo fue establecer los momentos adecuados durante la hospitalización para realizar estudios de colonización y decidir los microorganismos a estudiar según el lugar de procedencia del paciente. Se analizaron hisopados rectales de pacientes internados en la Unidad de Terapia Intensiva, obtenidos al ingreso, a las 72 h y al sexto día de internación. Se investigó Acinetobacter spp multirresistente (AMR), enterobacterias productoras de BLEE (EB-BLEE) y de KPC (EB-KPC). Los resultados mostraron 15,2% de pacientes de la comunidad y 16,7% de geriátricos colonizados con EB-BLEE al ingreso. Dicho porcentaje fue mayor (28,6%) en pacientes previamente institucionalizados y, además, 2,6% colonizados con EB-KPC y 3,4% con AMR. Los controles posteriores mostraron porcentajes crecientes de portación con el transcurso de la internación. Por lo tanto, es importante la detección de estos microorganismos al ingreso hospitalario y continuar con vigilancia activa, para poder implementar medidas precoces tendientes a evitar las consecuencias de la rápida transmisión horizontal.

Healthcare associated infections are considered an epidemic problem; manageable but difficult to eradicate. The early detection of patients infected with antimicrobial multiresistant microorganisms by means of epidemiological surveillance cultures and the execution of prophylactic measures, are key to reduce their incidence. The aim of this work was to assess a suitable schedule in the course of hospitalisation to perform colonisation studies and to decide which microorganisms to analyse according to the provenance of the patient. Rectal swabs from patients admitted at the Intensive Care Unit obtained at the time of admission, 72 h and six days later were analysed. Multiresistant Acinetobacter spp.(MRA), ESBL- and KPC- producing Enterobacteriaceae (ESBL-EB and KPC-EB, respectively) were investigated. Results showed that 15.2% of patients without previous hospitalisation and 16.7% of patients coming from geriatric institutions were colonised by ESBL-EB at the moment of admission. This percentage was greater (28.6%) in previously hospitalised patients, of whom 2.6% were found to be colonized by KPC-EB and 3.4% by MRA. Subsequent monitoring showed increasing colonisation percentages with the course of hospitalisation. Therefore, detection of these microorganisms at the time of admission and constant active surveillance are crucial to implement early measures aiming to avoid the consequences of rapid horizontal dissemination.

As infecções relacionadas ao cuidado da saúde são consideradas um problema epidêmico controlável, mas dificilmente erradicável. A identificação precoce em pacientes colonizados por microorganismos multirresistentes, através de culturas de vigilância epidemiológica e a implementação de medidas preventivas, podem diminuir sua incidência. O objetivo do trabalho foi estabelecer os momentos adequados durante a hospitalização para realizar testes de colonização e decidir quais os microorganismos que serão estudados de acordo com o lugar de procedência do paciente. Foram testados Swabs retais de pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva (UTI), coletados ao serem admitidos, nas 72h e no sexto dia de internação. Foram analisados Acinetobacter spp. multirresistente (AMR), enterobactérias produtoras de BLEE (EB-BLEE) e de KPC (EB-KPC). Os resultados mostraram 15.2% de pacientes da comunidade e 16.7% de geriátricos colonizados com EB-BLEE ao serem admitidos. Ese percentual foi maior (28.6%) em pacientes previamente institucionalizados e, além disso, 2.6% colonizados com EB-KPC e 3.4% com AMR. Os controles posteriores mostraram percentuais crescentes de portação com o decorrer da internação. Portanto, é importante a identificação destes microorganismos no momento da admissão hospitalar e continuar com a vigilância ativa, para poder implementar medidas precoces tendentes a evitar as consequências da rápida transmissão horizontal.

Colonización del tracto digestivo en niños después de infección por gérmenes productores de betalactamasas de espectro extendido y tratamiento con carbapenems, estudio prospectivo / Gastrointestinal tract colonization in children after infection by extendedspectrum beta-lactamase producing bacteria and treatment with carbapenems: prospective study

Antecedentes. La colonización del tracto digestivo parece ser un factor de riesgo para presentar infección por microorganismos productores de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), que puede persistir por un tiempo aún no determinado luego del tratamiento adecuado. Esta condición no ha sido suficientemente estudiada y su conocimiento es pobre. Objetivo. Determinar la persistencia de bacterias productoras de BLEE en el tracto digestivo después de un tratamiento antibiótico racional. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio prospectivo y descriptivo. En un periodo de 12 meses, se incluyeron todos los pacientes que habían presentado un cultivo positivo en cualquier muestra para Eschericia coli o Klebsiella pneumoniae productores de BLEE y que, además, habían recibido tratamiento con meropenem. Se tomaron coprocultivos de seguimiento a los 7, 14 y 30 días de iniciado el antibiótico. Resultados. De 80 pacientes con cultivo positivo para gérmenes BLEE, 47 tuvieron tratamiento con meropenem. De ellos, 10 (21,3 %) fueron positivos en coprocultivo a los siete días de iniciado el tratamiento, 4 (8,5 %) a los 14 días y ninguno a las cuatro semanas después del tratamiento. El germen más frecuente fue K. pneumoniae (60 %). Conclusiones. El tracto digestivo de los niños se comporta como un reservorio transitorio de gérmenes BLEE, y puede ser el foco de infección y contaminación para el personal asistencial y otros pacientes durante un periodo crítico de, al menos, dos semanas. La tasa de erradicación de la colonización al mes de tratamiento con meropenem, fue de 100 %.

Introduction: Gastrointestinal tract colonization seems to be a risk factor for acquiring an infection by extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing bacteria. Time colonization has not been established yet, this condition has not been analyzed enough, and evidence is poor. Objective: The aim of this study was to determine the incidence of gastrointestinal tract colonization after an antibiotic therapy. Patients and methods: This was a one-year prospective descriptive study of patients who had cultures with ESBL-producing enterobacteriaceae (Klebsiella pneumonia or Escherichia coli) and received treatment with meropenem. In order to detect potential reservoirs for ESBL producing bacteria, stool cultures were done on days 7, 14 and 30 after initiating the antibiotic treatment. Results: During the study period, we included 80 cases, of which 47 received meropenem, and stool cultures were performed in these cases. There was gastrointestinal tract colonization by ESBL-producing bacteria in 21.3% (10) on day 7 of treatment, 8.5% (4) on day 14, and none on day 30. K. pneumonia, being the most frequent, was found in 60% of cultures. Conclusions: The gastrointestinal tract in children acts as a temporary reservoir for ESBL-producing bacteria and could be an infection and contamination source to medical staff and other patients during a critical period of at least two weeks. 100% of gastrointestinal tract colonization was eradicated after treatment with meropenem.

Molecular detection and epidemiology of Extended-Spectrum beta-lactamase genes prevalent in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and E coli from Trinidad and Tobago / Detección molecular y epidemiología de genes de beta-lactamasas de Espectro extendido prevalecientes en los aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae y E coli en Trinidad y Tobago

OBJECTIVE: The epidemiology of Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing E coli and K pneumoniae is complex and varies among hospitals and countries. This study aimed at describing the molecular detection and epidemiology of ESBL subtypes prevalent in clinical isolates of K pneumonia and E coli in Trinidad and Tobago. METHODS: Over 36-months, isolates of E coli and K pneumoniae from clinical specimens of patients processed at a regional tertiary hospital in the country were identified using standard microbiological methods. MicroScan System (Siemens, USA) was used to determine MIC values while E-test (AB Biodisk, Sweden) assays phenotypically confirmed ESBL production. K pneumoniae (n= 65) and E coli (n = 25) isolates confirmed as ESBL producers were further subjected to multiplex PCR and PFGE tests to determine the ESBL subtypes and clonal relatedness. RESULTS: Female patients (67.8%) and urine samples (65%) yielded most ESBL isolates, with over 90% recovered from the hospital s medicine and surgery facilities. All ESBL isolates including all K pneumoniae producing ESBLs were 100% susceptible to carbapenems and amikacin antimicrobials. Polymerase Chain Reaction detected 100% blaTEM genes, 4.1% blaSHV and 37.5% bla cTX-M genes among E coli isolates. Similarly, 84.3% blaTEM, 34.5% blaSHv and 58.8% bla cTX-M genes were detected in K pneumoniae. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) results showed diverse and unrelated clones. CONCLUSIONS: In this the first report of molecular characterization and epidemiology of ESBL subtypes in E coli and K pneumoniae isolates in Trinidad and Tobago, the CTX-M, mainly phylogenetically group 1 type, was most predominant. Most ESBL isolates were still susceptible to carbapenems and aminoglycosides and their spread appears to be polyclonal and clonally unrelated.

OBJETIVO: La epidemiología de E coli y K pneumoniae productores de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) es compleja y varía de un hospital o país a otro. Este estudio tiene por objeto describir la detección molecular y la epidemiología de los subtipos de BLEE prevalecientes en aislados clínicos de K pneumonia y E coli en Trinidad y Tobago. MÉTODOS: Por más de 36-meses, se identificaron aislados de E coli y K pneumoniae a partir de especímenes clínicos de pacientes procesados en el hospital universitario regional del país, utilizando métodos microbiológicos estándar. Se utilizó el sistema MicroScan (Siemens, USA) para determinar los valores MIC, en tanto que la prueba del epsilómetro o E-test (biodisco AB, Suecia) confirmó fenotípicamente la producción de BLEE. Los aislados de K pneumoniae (n = 65) y E coli (n = 25) confirmados como productores de BLEE, fueron posteriormente sometidos a pruebas PCR multiplex y PFGE con el propósito de determinar los subtipos BLEE y la relación clonal. RESULTADOS: Las pacientes (67.8%) y las muestras de orinas (65%) arrojaron el mayor número de aislados de BLEE, siendo más del 90% tomados de las instalaciones de medicina y cirugía del hospital. Todos los aislados de BLEE, incluyendo todas las K pneumoniae productoras de BLEE resultaron 100% susceptibles a los agentes antimicrobianos carbapenem y amikacina. La reacción en cadena de la polimerasa detectó 100% de genes blaTEM, 4.1% de genes blaSHV y 37.5% de genes blaCTX-M entre los aislados de E coli. De manera similar, 84.3% de genes blaTEM, 34.5% blaSHV y 58.8% blaCTX-M fueron detectados en K pneumoniae. Los resultados de la electroforesis en gel de campos pulsados (PFGE) mostraron clones diversos y no relacionados. CONCLUSIONES: En este primer reporte de caracterización molecular y epidemiología de subtipos de BLEE en aislados de E coli y K pneumoniae en Trinidad y Tobago, el tipo principalmente filogenéticamente CTX-M grupo 1 fue el de mayor prevalencia. La mayoría de los aislados de BLEE eran todavía susceptibles a los carbapenems y los aminoglucósidos, y su extensión parece ser policlonal y no hallarse clonalmente relacionada.

Identificación por PCR-SSCP de genes de cefotaximasas en aislamientos hospitalarios de Enterobacteriaceae / Identification of genes for cefotaximases in hospital isolates of Enterobacteriaceae by PCR-SSCP

Las cefotaximasas (CTX-M) son las beta-lactamasas de espectro extendido más ampliamente diseminadas entre especies de la familia Enterobacteriaceae, y son la causa principal de resistencia en aislamientos causantes de infección intrahospitalaria. El objetivo del presente trabajo fue identificar variantes de cefotaximasas del grupo CTX-M-1 mediante el análisis del polimorfismo conformacional de cadena sencilla (SSCP) de frag-mentos de restricción provenientes de los productos de la amplificación por PCR de los genes blaCTX-M. Con el procedimiento PCR-SSCP estandarizado, en este trabajo se analizaron 49 aislamientos de enterobacterias recolectados en 8 hospitales de Bogotá, D.C., adscritos a la Secretaría Distrital de Salud. Se detectaron las variantes CTX-M-12, CTX-M-15, CTX-M-12a, y CTX-M-1 y una nueva variante denominada CTX-M-60. Todas las variantes fueron detectadas tanto en aislamientos intrahospitalarios como de la comunidad, lo que indica posible movilidad de estos genes desde y hacia los centros hospitalarios. Esta publicación constituye el primer reporte en Colombia de la variante CTXM-12a y la nueva variante evolutiva CTX-M-60.

CTX-M cefotaximases are the most widely distributed extended-spectrum beta-lactamases among Enterobacteriaceae and they are an important cause of microbial resistance in nosocomial infection-causing isolates. The object of this work was to identify group 1 CTX-M cefotaximase variants from PCR amplified blaCTX-M genes by single-stranded conformational polymorphism of restriction fragments (RF-SSCP). We analysed 49 Enterobacteria isolates using the RF-SSCP procedure standardised in this work; isolates were collected from eight hospitals attached to the Bogota Health Secretariat (Secretaría Distrital de Salud). CTX-M-12, CTX-M-15, CTX-M-12a and CTX-M-1 variants were detected as well as a new one, designated CTX-M-60. All variants were detected in hospital and community isolates thereby indicating these genes’ possible high mobility from and towards hospital centres. This study represents the first report in Colombia of CTXM-12a and of the new evolutionary variant: CTX-M-60.